中心实行理事会制度，充分尊重学术民主和学术导向，权力组织机构为理事会和学术委员会。

（1）理事会：是中心的最高决策机构，由衡阳师范学院与协同单位联合成立，其成员来自衡阳师范学院与协同单位的主要负责人，以及有关部门的专家加入。理事会负责中心的规划论证、培育组建、组织实施、经费投入、人员聘任、成果考核等重大事项决策。中心理事会具体人数可由中心自主设立，理事会每年召开一到两次例行会议，讨论中心重大事项等。中心首任理事长由衡阳师范学院副校长童小娇教授担任。

（2）学术委员会：学术委员会是协同创新中心的学术指导机构，学术委员会一方面为协同创新中心的重大科研决策、总体规划、管理实施等提供咨询，另一方面负责把握学术方向、指导人才培养、参与人员遴选、推动国内外合作等。学术委员会主要由学科专家组成。中心首任学术委员会主任由UNISCO国际自然与文化遗产空间技术中心主任郭华东院士担任。